Першими поселенцями села були селяни, козаки з правобережної України, які втекли від гніту польського панства в 30-х роках 17 століття. Вони й дали назву однойменну своїй батьківщині. За народною версією, мовиться, що серед лісу довгий час стояла лише одна хатина, як палець, ймовірно звідси й пішла назва села Пальчики. Із 1790 по 1850 роки в Пальчиках проживав Петро Іванович Прокопович, який народився 12 липня 1775 році в с. Митченки Конотопського повіту Чернігівської губернії в сім'ї священника. У 1798 році П.І. Прокопович купує в селі Митченки 3 десятини землі, будує будинок.
У 1800 році придбав кілька десятків бджолосімей. У січні 1814 року винайшов рамковий вулик. На базі власного господарства у 1828 році в селі Митченки створив першу школу пасічників. Вона проіснувала до 1879 році. У 1830 році купує землю в селі Пальчики і переходить сюди з учнями.
З 1960 по 1989 рік село Пальчики входило до Городищенської сільської ради.
З вересня 1941 по вересень 1943 року село Пальчики було окуповане німецько - фашистськими загарбниками. За роки окупації було розстріляно 9, та спалено 10 активістів, у тому числі – 5 жінок. У Німеччину на каторгу вивезено 27 чоловік молоді.
У післявоєнний час трудящі села зосередилися на відбудові зруйнованого господарства. У 1954 році було збудовано електростанцію потужністю 50 кВт. Колгосп мав 2350 га угідь, 1960 га орної землі.
У жовтні 1989 року утворено Пальчиківську сільську раду.
